《陌生人6》的故事發生在未來的韓、中、日三國經濟共同區域——大連。三國情報當局獲知以大連為震中，5年內極有可能發生一場毀滅性的大地震，威脅到三國乃至整個亞洲的存亡。而唯一能阻止這場大地震的方法是在大連機場地下設置特殊裝置，將能源排放到地殼之外。三國為此決定秘密進行工程。但有一股黑暗勢力企圖暗殺工程相關負責人、阻止工程、泄露秘密。于是，三國情報當局各派出2名要員，與這股黑暗勢力展開斗爭。