警官黃偉（梁家輝飾）被借調調查一件涉及警員犯罪的案子，為搜集證據，黃偉犯險入獄。火燒島典獄長（柯俊雄飾）治下的監獄充斥著暴力、不公，以及制度化的犯人毆斗。黃偉很快在獄中結識了室友小朱（庹宗華飾）和因思念兒子多次越獄的劉世杰（洪金寶飾），并經歷了幫派人物大林（高捷飾）的入獄洗禮。臺球選手大錘（成龍飾）因誤殺幫派大哥鋼珠（劉德華飾）之弟入獄，大林受命向大錘復仇，此事被獄中大哥桂老大（王羽飾）調解。黃偉、大錘等四人被典獄長吸收進入“清風隊”，在執行暗殺任務的過程中，黃偉意外的發現了自己追查多時的幕后真兇。